Основная трудность применения мДНК для интерпретации недавней эволюционной истории проистекает из того же источника, что и преимущества этого метода: при размножении происходит клонирование мДНК, а не ее рекомбинация. Поскольку мДНК передается только по женской линии, велики возможности дрейфа генов, т. е. случайной утраты некоторых ее линий: какие-то мДНК исчезают всякий раз, когда в поколении отсутствуют дочери. Эта проблема аналогична потере фамилии всякий раз, когда в семье нет сыновей. Представим себе в огромном городе квартал иммигрантов, у всех обитателей которого одна и та же фамилия. Наблюдатель мог бы предположить, что все эти семьи — потомки единственной, добившейся успеха иммигрантской семьи, вытеснившей всех своих соседей (как, по теории Евы ее потомки вытеснили с лица Земли всех прочих людей). Но есть и альтернативное объяснение: множество семейств иммигрантов стали родниться только друг с другом; спустя некоторое время все их фамилии, кроме одной, исчезли в связи со случайным отсутствием в некоторых семьях сыновей, передающих свою фамилию детям. Оставшаяся фамилия унаследована от одного человека, но на самом деле все иммигранты передали свои гены нынешнему поколению. Точно так же поколения без дочерей привели к исчезновению некоторых линий мДНК потомков Евы и се современников.