Морфологические исследования не позволили прийти к каким-либо определенным выводам. Дюбо принялся изучать реакции вызывающих туберкулез бактерий и их хозяев на стимулы, нарушающие равновесие, при котором организм-хозяин мирно сосуществует с потенциальным патогеном. В эти работы, продолжавшиеся 20 лет, он включил концепции. предшествовавшие теории специфической этиологии, изучая как возможную неэффективность защитной системы организма-хозяина, так и воздействие внешних факторов на внутренние процессы. Им были обнаружены в человеческих тканях природные вещества, влияющие на рост и жизнеспособность бактерий — возбудителей туберкулеза. Выяснилось, что комплексное микроокружение участка воспаления может определять ход инфекционного процесса. Дюбо установил также, что такие факторы окружающей среды, как рацион, токсины, климат, перенаселенность и пестициды, влияют на подверженность инфекциям и заболеваниям;. В финальной фазе исследований в опытах на животных было показано, что воздействия окружающей среды в раннем возрасте имеют продолжительные эффекты, влияющие на рост, развитие, потребности в питании и устойчивость к различным стрессам. Дюбо назвал это явление «биологическим фрейдизмом». В итоге заболевание предстало не как предопределенный результат присутствия в организме патогенов, а как экосистема, включающая множество событий. «Решение проблемы заболеваний, — предсказывал Дюбо.