Возможно, мДНК недостаточно нейтральна, чтобы служить основой для молекулярных часов, поскольку есть данные, указывающие на ее роль в развитии ряда заболеваний. В связи со случайной утратой и естественным отбором скорость эволюции мДНК некоторых групп позвоночных, в частности цихловых рыб в озере Виктория в Африке, американских угрей и птиц краснокрылых трупиалов, гораздо ниже, чем предположили для людей Уилсон и его коллеги. Ряд молекулярных генетиков не согласны с тем, как Уилсон интерпретирует данные митохондриальной генетики.