В конце ледникового времени с переходом к раннему земледелию и скотоводству некоторые популяции взрывообразно распространились по обширной полосе суши от Средиземноморья до Тихоокеанского побережья Азин. Хотя численность людей росла, количество сохранившихся линий мДНК осталось прежним — их утрата невосполнима. Следовательно, можно ожидать, что человеческие популяции с различной демографической историей сохраняют неодинаковое число мутаций, возникавших со времени существования ближайшего общего предка их мДНК. Их нельзя использовать вместе в модели, исходящей из того, что длина митохондриальных линий родства отражает время их расхождения. Невозможно вслед за Уилсоном допустить лишь мутационное происхождение всех изменений мДНК популяций: важно учитывать и историю последних. Таким образаом, главная проблема теории Евы — зависимость ее от точных молекулярных часов. Эта точность основана на скорости мутаций во многих различных локусах, т. е. местах локализации генов. Однако гены одной мДНК не могут рекомбинировать как ядерные. Все они в мДНК эквивалентны единственному локусу. Следовательно, молекулярные часы, сверенные по мДНК, ненадежны.