В непростой атмосфере больничной жизни со страдающими и умирающими от пневмонии пациентами Дюбо окунулся в работу. Он кормил полисахаридными оболочками пневмококков типа III микроорганизмы из образцов почв с клюквенных болот Нью-Джерси. Большинство микроорганизмов, непривычных к такому рациону, переходило в состояние «спячки», обращаясь в споры и переживая таким образом неблагоприятные условия, но одни вид бактерий приспособился к использованию предлагаемой пищи. Из этих бактерий Дюбо выделил фермент, ответственный за разрушение полисахаридной капсулы и назвал его SllI. Триумф пришел менее чем через три года после данного Эйвери обещания: фермент SIII излечивал зараженных животных, лишая пневмококков оболочки и тем самым делая их доступными для фагоцитарных механизмов организма. Дальнейшая работа с этим ферментом стала, однако, не перспективной, поскольку в это время уже появились сульфамидные лекарства.