В 1938 г. Дюбо открыл и частично очистил фермент, избирательно разрушающий нуклеиновые кислоты дрожжей и пневмококков, Он назвал его рибонуклазой. Впоследствии этот фермент стал цепным инструментом исследований, который весьма пригодился другим сотрудникам Рокфеллеровского института. Так, Станфорд Мур и Уильям X. Стайн использовали высокоочищенную рибонуклеазу в анализе аминокислотного состава белков, а Брюс Меррифилд выбрал этот небольшой фермент в качестве первою образца для твердофазного метола синтеза белка; за эти работы все трое были удостоены Нобелевской премии по химии. Открытие Дюбо ферментов легло в основу разработки антибиотиков. Он задался целью найти фермент, который разрушал бы всю бактерию в целом, а не какие-либо ее компоненты. Микроорганизмам из образцов различных почв предлагались в качестве единственного источника питания грамположительные бактерии, такие, как пневмококки, стафилококки и стрептококки. В 1939 г. эти исследования увенчались выделением Bacillus brevis, из которых Дюбо экстрагировал антибактериальный агент, названный им тиротрицином. Оказалось, что тиротрицин не является индивидуальным ферментом, а содержит два полипептида — тироцидин и грамицидин.